在国民经济评价和财务评价的基础上，对建设方案所作的全面的、综合的分析工作。中国水利部发布的SL72—94《水利建设项目经济评价规范》中称为“综合经济评价补充指标”。在水电、电力和水运经济评价等规范中则称之为综合分析。

水利建设项目特别是大、中型水利建设项目，有些经济因素很难定量，为了全面分析项目对社会经济发展的影响，根据中国多年的经验，除应对项目进行国民经济评价和财务评价外，还必须从宏观上进行综合经济分析研究，评价项目的经济合理性和可行性。其主要内容包括：①项目单位功能的投资、工程量、三材用量、水库淹没指标的分析计算，以及与可比的同类项目或项目群的比较分析；②项目建设对国家、地区、国民经济各部门的影响，与国家产业政策、生产力布局、国家财力、现有科学技术水平等的适应程度以及与远景发展的适应情况，对生态与环境的影响，对人民生活条件的影响等的分析研究；③项目的持续性分析与评价；④对项目某些特点的分析，如对工程规模大、达产期（运行初期）长的项目，分析开始发挥效益时投资占总投资的比例，达产期效益分别占项目总费用和项目总效益的比例等。

综合经济评价采用定量分析与定性分析相结合的方法：能用货币表示的内容用货币量分析比较；不能用货币量表示但可用实物量表示的，用实物量分析；既不能用货币表示也不能用实物定量表示的部分则采用定性描述的方法。

由于不同水利工程在国民经济中的地位和作用不同，工程本身的特点不同，综合经济评价的具体内容，可根据项目的具体情况分析确定。对任务较单纯，涉及面不广的项目，分析的内容可以简化；对于涉及面广，与一般项目相比更具特殊性的项目，要针对其特殊性作补充分析研究。