以法律、法规和社会经济发展要求为依据，以珠江流域综合规划和专业、专项规划为基础，通过各层次的管理机构，对水资源开发、利用、调配、保护和防洪调度等的管理。珠江流域1999年已建水库8993座，其中大型水库42座；保护面积万亩（666.7 hm²）以上的堤围203处，堤防长度4 500 km；水电站总装机容量4 500 MW；机电排灌设施47 241处，设备容量1 640 MW；通航河流1 088条，通航里程1.4万多km，其中主要通航河道79条，通航里程7 154 km；有效灌溉面积282万hm²。

管理机构

珠江流域水利工程主要按行政区划分别由地方水利、电力、航运、城建等部门负责管理。1979年10月经国家批准成立水利部珠江水利委员会，代表水利部行使珠江流域水行政主管职责。水资源管理部门还有环境保护、电力、交通、国土、公用事业等单位。珠江管理的统一性主要体现在综合利用规划和防洪调度方面的管理工作。

管理规章

20世纪90年代以来，逐步走向依法管理。1993年5月国务院批复了珠江流域综合规划，1995年国务院办公厅函复要求加强珠江河口澳门附近水域综合治理和管理，1999年水利部第10号令颁布《珠江河口管理办法》。水利部还授予流域机构取水许可管理权限、审查河道管理范围内建设项目权限、决定《中华人民共和国防洪法》规定的行政处罚和行政措施权限等，逐步加大珠江统一管理的力度。流域内各级人大和人民政府根据国家法律、法规和有关政策，结合本地区实际情况，先后颁发了各自的办法、条例、布告等管理规章，包括水利工程管理、河道管理、工程安全、水政执法、水土保持、水源区保护、水利工程水费和堤防防护费管理、防御特大洪水方案和水库度汛计划等方面。各级各类工程管理单位的规章制度比较完善。

管理内容

依法管理

在流域内设置饮用水水源保护区；河道工程设置管护区，制止人为设障、与河争地、滥采河砂等行为；水库区土地由国土部门确权；有关基建项目实行河道建设批准书、防洪规划同意书、取水许可或水土保持方案审批制度。依法管理工作逐步加强。

工程加固

水利工程的安全鉴定已成为水利管理部门的日常工作，并在此基础上安排大中型水库、江海堤围的除险加固和安全达标工作。1994年流域大洪水后，一级堤防按100年一遇、二级堤防按50年一遇防洪标准加固培修。

水利调度

大型和重点中型水库逐步建立库区水文气象自动测报系统和大坝安全监测系统，完善调度管理制度。有些水库管理单位根据多年积累的水文资料和实际运用经验，按照短期洪水预报，实现了预报调度的长计划、短安排，在确保安全的前提下，实现防洪、发电、灌溉与城镇供水的多目标最佳效益。广西清平水库实行了水库群和灌区塘堰水量的统一调度，合理利用了水资源。堤库结合防洪调度方面，北江大堤和飞来峡水库联合调度，将广州市防洪标准提高到300年一遇，东江的新丰江、枫树坝、白盆珠等水库和堤防联合调度，将中下游防洪标准提高到100年一遇。跨流域引水调度方面，广东东深供水工程管理部门加强经营管理，实行8级抽水联合调度，节约了电力，成为深圳、香港等城市供水的主要水源，年产值超过20亿港元。

河道清障

珠江流域的河道阻水障碍主要是侵占河道兴建违章建筑与河道采砂造成的，沿江河的桥梁、码头、管线建设、航道整治，河口地区无序围垦滩涂等，致使河势变化，河道过水能力下降，影响泄洪。1995年以来，堤防建设速度加快，标准提高，形成洪水归槽，水位抬高，加大了下游的防洪压力。2000年广东省成立河口整治工程指挥部，按照“量力而行，先急后缓，注重实效”的原则，第一期工程先行清理疏浚横门北汊和洪奇门出水道人为设置的河障及围垦堤围。河道管理及其清障工作需要采取综合措施。

管理达标

在基建和除险加固工程中，工程管理单位的环境整治也列入建设项目。北江大堤1997年11月通过了水利部组织的国家一级河道目标管理考评验收。通过完善与改造水利工程的安全监测设施，推广应用计算机整编分析观测资料，建设示范性的自动化监控及信息管理系统，提高科学管理水平。通过松涛水库、高州水库等工程后评价，总结运行经验，实现持续发展。