中华人民共和国国务院组成部门，主管全国水行政工作。1949年中华人民共和国成立后，设立水利部，部长为傅作义。1958年2月11日，水利部和电力工业部合并为水利电力部。1979年2月15日，水利电力部撤销，分别成立了水利部和电力工业部，水利部部长为钱正英。1982年3月8日，水利部和电力工业部合并为水利电力部。1988年7月，水利电力部撤销，成立水利部和能源部，水利部部长为杨振怀。1993年3月、1998年10月钮茂生、汪恕诚先后任水利部部长。

1998年国务院机构改革方案确定的水利部主要职责是：①拟定水利工作的方针政策、发展战略和中长期规划，组织起草有关法律法规并监督实施。②统一管理水资源（含空中水、地表水、地下水）。组织拟定全国和跨省（自治区、直辖市）水长期供求计划、水量分配方案并监督实施；组织有关国民经济的总体规划、城市规划及重大建设项目的水资源和防洪的论证工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；发布国家水资源公报；指导全国水文工作。③拟定节约用水政策，编制节约用水规划，制定有关标准，组织、指导和监督节约用水工作。④按照国家资源与环境保护的有关法律法规和标准，拟定水资源保护规划；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；监测江河湖库的水量、水质，审定水域纳污能力；提出限制排污总量的意见。⑤组织、指导水政监察和水行政执法；协调并仲裁部门间和省（自治区、直辖市）间的水事纠纷。⑥拟定水利行业的经济调节措施；对水利资金的使用进行宏观调节；指导水利行业的供水、水电及多种经营工作；研究提出有关水的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见。⑦编制、审查大中型水利基建项目建议书和可行性研究报告；组织重大水利科学研究和技术推广；组织拟定水利行业技术质量标准和水利工程的规程、规范并监督实施。⑧组织、指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护；组织指导大江、大河、大湖及河口、海岸滩涂的治理与开发；办理国际河流的涉外事务；组织建设和管理具有控制性的或跨省（自治区、直辖市）的重要水利工程；组织、指导水库、水电站大坝的安全监督。⑨指导农村水利工作；组织协调农田水利基本建设、农村水电电气化和乡镇供水工作。⑩组织全国水土保持工作。研究制定水土保持的工程措施规划，组织水土流失的监测和综合防治。(11)负责水利方面的科技和外事工作；指导全国水利队伍建设。(12)承担国家防汛抗旱总指挥部的日常工作，组织、协调、监督、指导全国防洪工作，对大江大河和重要水利工程实施防汛抗旱调度。(13)承办国务院交办的其他事项。

水利部机关设10个职能司（厅）：办公厅、规划计划司、政策法规司、水资源司（全国节约用水办公室）、经济调节司、人事劳动教育司、国际合作与科技司、建设与管理司、水土保持司、农村水利司。

国家防汛抗旱总指挥部办公室设在水利部，其主要职能是：组织全国防汛抗旱工作，承办国家防汛抗旱总指挥部的日常工作，按照国家防汛抗旱总指挥部的指示，统一调控全国水利、水电设施的水量。

长江水利委员会、黄河水利委员会、淮河水利委员会、海河水利委员会、珠江水利委员会、松辽水利委员会、太湖流域管理局为水利部派出的流域机构，代表水利部行使所在流域的水行政主管职责。主要职责是：①负责水法等有关法律法规的实施和监督检查，拟定流域性的水利政策法规；负责职权范围内的水行政执法、水政监察、水行政复议工作，查处水事违法行为；负责省际水事纠纷的调处工作。②组织编制流域综合规划及有关的专业或专项规划并负责监督实施；组织开展流域控制性的水利项目、跨省（自治区、直辖市）重要水利项目等中央水利项目的前期工作；按照授权，对地方大中型水利项目的前期工作进行技术审查。③统一管理流域水资源并负责组织流域水资源调查评价；组织拟定流域内省际水量分配方案（黄河水利委员会和海河水利委员会在旱情紧急情况下，还组织拟定水量调度预案），实施水量统一调度；组织或指导流域内有关重大建设项目的水资源论证工作；在授权范围内组织实施取水许可制度；指导流域内地方节约用水工作。④按照部门分工，负责流域水资源保护工作，组织水功能区的划分；审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；负责省（自治区、直辖市）界水体、重要水域、直管江河湖库及跨流域调水的水质监测工作。⑤组织制定或参与制定流域防御洪水方案并负责监督实施；按照规定和授权对重要的水利工程实施防汛抗旱调度；指导、协调、监督流域防汛抗旱工作；指导、监督蓄滞洪区的管理和运用补偿工作。⑥指导流域内河流、湖泊及河口、海岸滩涂的治理和开发；负责授权范围内的河段、河道、堤防、岸线及重要水工程的管理和保护；按照规定和授权负责流域控制性的水利项目、跨省（自治区、直辖市）重要水利项目等中央水利项目的建设与管理。⑦组织实施流域水土保持生态建设重点区水土流失的预防、监督与治理；组织流域水土保持动态监测；指导流域内地方水土保持生态建设工作。⑧按照规定或授权负责流域控制性的水利工程、跨省（自治区、直辖市）水利工程等中央水利工程的国有资产的运营和监督管理；拟定直管工程的水价、电价以及其他有关收费项目的立项、调整方案；负责流域内中央水利项目资金的使用、稽查、检查和监督。

水利部直属的主要事业单位有：农村水电及电气化发展局、水库移民开发局、水文局（水利信息中心）、综合事业局、水利水电规划设计总院、水利部发展研究中心、中国水利水电科学研究院、南京水利科学研究院、中国水利水电出版社、中国水利报社、中国灌溉排水发展中心等。

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