中国历代都在中央机构设置管理水利的部门、职官，或在部门设属官或专设机构。随着官制的发展，地方机构也设水利职官，由地方长官、副职主管或兼管水利。

夏商周、春秋战国时期（公元前2070～前221年）

夏朝设有水官，据先秦文献《国语·鲁语》和《礼记·祭法》的记载：“冥勤其官而水死。”说的是商族的祖先冥在夏朝当水官，勤力尽职，治水身死。商代“司工”为管理“百工”（甲骨文有“百工”一词）的工官，属于王廷中“小臣”一类的事务官。商代农业实行井田制，耕地有沟洫，形成田间灌溉排水系统。水利施工，修沟洫、浚畎浍，属于“百工”的一种，从属“司工”管理。西周设置司空，管理土木工程建设和各种手工业。司空在青铜器铭文中写为“司工”，有“司工事”、“司百工”的记载。管理百工职事的司空与管理土地和农业生产的司徒，以及管理军赋的司马，合称“三有司”，是朝廷日常政务的主要执行官。《周礼》所记稻人修蓄水、防洪、灌溉、排水工程，《考工记》所述“匠人为沟洫”，都属于司空管理的职事。《周礼·月令》规定司空在季春之月，“循行国邑，周视原野，修利堤防，导达沟渎，开通道路，无有障塞”。

春秋时期，各诸侯国中，鲁、晋、郑、陈都相沿设置司空官。宋国因避宋武公的名讳，改司空为司城，在楚国司空则为莫敖。

秦汉时期（公元前221～公元220年）

设置都水官，为专职水利职官。秦设都水长、丞，主管陂池灌溉、河渠修防。都水官是中央机构的部门属官。汉承秦朝官制，朝廷的太常、少府、水衡都尉，以及京畿三辅等，设都水官，后来设左右都水使者，领导各中央机构的都水官。两汉时期一些郡也设水官和机构。东汉都江堰设都水长、都水掾，安徽安丰塘也有都水官。地方政府中的都水官，由大司农管辖。沿黄河州县政府设置河堤员吏。遇到黄河决口成灾，中央政府派出河堤谒者、河堤使前往勘察，组织堵口复堤施工。工地设治河都匠工。

三国两晋南北朝时期（220～581年）

尚书台（省）分曹处理政务，逐渐成为全国最高的行政机关，水利职官的设置出现了新的变化。曹魏设23曹尚书郎中，处理水事的为水部曹，官称为尚书水部郎中、水部郎。又设置都水使者，官品高于水部郎。曹魏还设置各级典农官管理屯田，屯田区水利也由其管理。孙吴也设屯田官，发展屯田。蜀汉设置堰官管理都江堰。西晋统一中国后，设置都水台，长官为都水使者，掌管舟船、航运。其属官有河堤谒者、都水参军。同时，置35曹尚书郎。水事方面有水部、运曹。东晋相沿设都水台，置都水使者，撤河堤谒者，改置谒者。尚书各曹数次精简，最后撤掉水部曹。南朝宋、齐皆设都水使者，梁、陈改都水使者为大舟卿，掌管舟船、航运、河堤，宋、齐、梁、陈皆设水部。北朝、北魏、北齐皆设都水使者及河堤谒者，北齐都水官机构称都水台，北周设司水中大夫，其职责相当于都水使者。尚书列曹，北魏设36曹，北齐设28曹，都设有水部、水曹。

隋唐五代时期（581～960年）

隋结束了南北朝对峙局面，重新统一了中国，建立了尚书省管辖6部行政的体制，设工部尚书，水部为其所属4司之一，设水部郎中掌管水事。唐朝沿袭隋制，尚书省管辖6部，定名为吏、户、礼、兵、刑、工。尚书为各部之长，侍郎为副，每部辖4司。司以郎中为长，员外郎为副。工部属下有4司，水部为其中一司。工部尚书、侍郎掌“天下百工，屯田、山泽之政令”，水部郎中、员外郎掌“天下川渎、陂池”，“舟楫、灌溉之利，咸总而举之”。工部及所属水部（司）为行使政令的政务机构。唐朝改隋所设的都水台为都水监，置都水使者2人，下属有舟楫、河渠2署，负责京畿渠堰陂池维修、京畿用水管理、舟船运漕、渔捕（提供宫廷食用鱼与祭祀用鱼）等。都水监独立于6部之外，与工部水部（司）互不相属，是修建和管理工程的工务机构或办事机构。

两宋辽金西夏时期（960～1271年）

北宋水利职官设置，基本上采取唐的体制，设工部，水部为工部所属司，水部以郎中为长，员外郎为副，其职责是“川渎、河渠、津梁、舟楫、漕运、水碾硙之事，凡水之政令”。设置都水监，“掌内外河渠，修完堤堰，疏导水势，及判水运之事”。其长官都水使者不常设。治河工地设外监，非常设机构，任务一完就撤销。其官为都水丞。北宋各机构的长官与属官，都有名无实，不能行使其职权，各种官职的权力，必须由朝廷差遣他官来行使，若本官管本职的事，须加上“判本司”的头衔。

元明清时期（1271～1911年）

元代以来特别是明清时期，水利官制变化较大。元朝统一中国，国家的政务中心由前代的尚书省转到中书省。工部为中书省6部之一，水利不归工部，而由大司农司管辖，“凡农桑、水利、学校、饥荒之事悉掌之”。在6部之外设都水监，其官亦称为都水监，并在黄河、运河设行都水监。都水监“掌治河渠并堤防、水利、桥梁、

明朝废除尚书、中书、门下3省，保留6部。6部长官设尚书、侍郎，工部尚书、左右侍郎掌天下百工、营作、山泽、采捕、窑冶、屯种、榷税、河渠、织造之政令，部属各司称清吏司。水部改为都水清吏司，司官为郎中、员外郎、主事，管理“川泽、陂池、桥道、舟车之事”。废除隋唐以来历代所设的都水监。设漕运都督掌管运河。分设通惠河郎中、北河郎中、南河郎中，管理运河河道。管泉主事管山东境内济运泉水，诸闸设闸官、闸夫管理；诸泉设丁夫疏浚泉源。沿河各省巡检兼管河道；各州、县或设管河同知、管河主簿，或由管粮通判、管粮官代管水利。黄河尚无常设专官，或派总河大臣，或由漕运都督兼理河道，或设总理河道，或由总河兼督漕运。

清朝工部设尚书、侍郎；所属都水清吏司设郎中、员外郎、主事。与明代不同，设置河道总督，管理黄、运两河。后分北河、南河、东河，直隶总督兼北河总督，漕运总督兼南河总督，东河总督专管河南境内黄河，山东巡抚兼辖山东境内黄河。河督下属分级设河道通判、州同、州判、县丞、主簿、巡检，形成黄河、运河的管理系统。运河自长江以北，通至北京，由北河、东河、南河3河分管。东河按河南、山东分界治理黄河，淮河、长江与运河有关，由南河管治。

民国时期（1912～1949年）

民国初年的北洋政府将水利分属于内务部和农商部，随后设置全国水利局，局的长官为总裁，遇事由3个机构协商办理。1927年南京政府成立之后，水利分属各部管理，建设委员会管水利建设，实业部管农田水利，内政部管水灾救灾，交通部管河道疏浚，后水利建设又改归内政部。1934年由全国经济委员会总管水利行政，下设水利委员会。1941年水利委员会改属行政院，1946年水利委员会改为水利部。在此期间一些大流域曾先后设立管理机构。

中华人民共和国时期（1949年以后）

中央人民政府政务院设立水利部。1958年水利部与电力工业部合并为水利电力部。后又经历了几次分部、合部，1988年重建水利部，为全国水行政主管部门，部的最高领导为部长。水利部下设各大流域水利委员会，作为派出机构。