通过一定的组织机构，采取技术的、经济的、法律的和行政的措施，以实现引水工程的安全、正常运行，发挥其预期效益。其主要内容为工程安全监控、养护修理、水量调节调配、水质监测与保护、实时操作运行和经济管理等。

引水工程的水源多来自天然河湖或经过水库、水利枢纽调节控制的水域。有本流域引水和跨流域引水；引水线路有的利用天然河道，有的为人工渠道或管道；沿线可能有泵站、调节水库以及分水、跌水、交叉水工建筑物等。引水工程线路长，建筑物种类繁多，运行管理工作比较复杂。

世界各国已有不少大型跨流域引水工程投入运行。例如美国已建跨流域引水工程10余处，年调水量200多亿m³。原苏联1972年建成的额尔齐斯河向努拉河的调水工程，年调水量25亿m³。中国已建成的跨流域引水工程有引滦入津、引黄济青、东深供水等（参见引滦入津工程、引黄济青工程、东深供水工程）。

管理体制和组织机构

在中国，引水工程位于一个行政区划范围内的，由该行政区的水利部门统一管理。引水工程跨两个或两个以上行政区划的，则由上一级或上一级委托一个主要受益地区管理。引水工程管理机构的组织形式有：①枢纽工程与输水工程由一个管理机构统一管理。②枢纽工程与输水工程分别由两个或几个管理机构管理。前者多为供水对象单一、规模较小的引水工程；后者多为综合利用的大型跨流域引水工程。③企业化管理和股份制的引水工程。

技术管理

主要内容有工程安全观测检查和养护修理，供、需水分析预测，调度运用，水质监测，操作运行及计量管理等。

（1）检查观测和养护修理。引水工程包括蓄水（壅水）工程，提水泵站，输水渠系（输水隧洞、管道），跌水和交叉、分水建筑物等，其检查观测和养护修理工作内容可参照各不同建筑物的要求进行。

（2）供、需水分析预测。在规划设计目标指导下，根据补偿流域和被补偿流域当年水情及被补偿流域的生产、生活需水要求，进行供水能力和需水情况的分析预测，作为制定引水工程运行调度计划的依据。

（3）调度运用。一般引水工程都要根据供、需水分析预测作出调度计划，并实时操作运行。在计划实施过程中，还要根据随时变化的情况对计划进行修订，并按修订后的计划实时操作运行。引水工程调度计划应合理利用水资源，节约用水。蓄水工程有防洪任务的，要在服从防洪调度的前提下协调引水任务。

（4）水质监测。引水工程多系明渠（河道），输水线路长，除水源部分要进行严格的水质监测和污染源控制外，沿渠（河）水质均需有严格的监测和控制，防止水污染。

（5）操作运行。操作运行是工程实现效益的重要环节，要求正确、灵活、可靠，一般是以制定操作运行规程、总结操作方法和培训操作人员等措施，实现正确有效的操作运行。

（6）计量管理。引水工程管理中较突出的一项技术管理措施。在中国主要依靠水文测验方法和水工建筑物测量方法，逐步推广超声波等先进仪器计量，如引黄济青工程已采用超声波测流。

经营管理

引水工程的全部运行过程可视为一种特殊的商品——水的生产、运输、销售过程，要按照社会主义市场经济规律进行经营管理。主要内容有：供水成本管理、价格管理、工程及设备折旧、大修资金管理、技术改造、技术措施的经济分析、供水目标的经济优选等。