以色列政府负责水管理工作的部门是农业与乡村发展部（Ministry of Agriculture and Rural Development， MARD）。其职责是管理国家灌溉、排水、供水、防洪和水土保持工作。具体由水土保持与排水局（Soil Conservation and Drainage Department）和水委员会（Water Commission）分管。

水土保持与排水局负责制定地方级、区域级和国家级的污水利用以及保护土地资源、地表水、自然植被的规划；负责排水工程以防止农作区和已建房屋和其他建筑物遭受洪水的破坏。该局下辖23个排水管理局和8个牧场管理局，由这些管理局具体实施国家和地区的有关计划。该局还设有绘图、土地和牧场勘测、水土保持规划、地区性与局部的排水、水库、牧场及应用研究等业务部门。

水委员会负责国家供水工作，包括分配农业、工业和城市的用水量；主持新水源和集水工程的开发工作。水委员会下设水管理局，该局设有水文、工程、水利和水权等部门。

以色列其他有关水利机构有：塔阿尔（Tahal）以色列水规划管理局（Israel Water Planning Authority）、梅戈罗特（Meqorot）水公司、自然灾害损失基金管理局（Natural Damage Fund）、阿格雷斯科（Agrexco）及阿格里德瓦（Agridev）水部门。另外与水有关的机构还有水文服务机构（Hydrological Service）、环境与水利工程中心（Environmental and Water Resources Engineering Center）、环境研究与管理中心（Center for the study and Management of the Environment）、土壤与水研究所（Institute of Soil and Water）、土壤与水科学中心（Center for Soil and Water Sciences）、以色列水工程协会和以色列水工程应用中心等。