国家各级水行政主管部门依照法定的职能对防洪减灾、水资源开发利用和水环境保护行使的行政管理。

水行政管理的职能和组织

水行政主管部门的法定职能由各级政府按照水行政管理的需要以及当地的实际情况拟定并报同级人民代表大会批准后确定。按照水行政管理的职能以及精简、效能、统一的原则，各级人民政府都在政府组成部门中设置了水行政主管部门。在行政关系上，各级水行政主管部门隶属于同级人民政府，在业务关系上，各级水行政主管部门间具有指导和被指导的关系（参见水行政管理体制）。

中国水行政管理

中国由于水旱灾害频繁，各朝代都把水利作为治国安邦的大事。历代政府多设置水官或管理机构，承担国家的水行政管理事务（参见中国历代水利职官）。历代政府还制定水利法规，用以规范各种水事活动（参见中国历代水利法规）。

中华人民共和国成立后设立了水利部，负责全国水行政管理，由于国家机构调整，其后也分别实施过水利与电力统、分的体制变化。在水利事业上也曾实行政企、政事不分的行业管理体制。

1978年中共十一届三中全会提出政府工作法制化，从而奠定了水行政管理职能与水利其他事务相分离的基础。1988年《中华人民共和国水法》颁布后，国家进一步明确水利部是国务院水行政主管部门，行使水行政管理职能，逐步使政企分开。这种改革明确了水资源统一管理，加强了中国水资源的开发、利用、保护、优化配置以及防洪保安工作。

1998年，第9届全国人大第1次会议赋予本届中央政府水行政主管部门的主要职责是：统一管理全国水资源，组织、协调、监督、指导全国防洪工作，组织指导水利设施、水域及岸线的管理和保护，组织指导大江、大河、大湖及河口、海岸、滩涂的治理开发，组织全国水土保持工作，指导农村水利工作等行政职能。按国务院职能分工，内河航运、水力发电、水污染防治分别由交通、电力和环境保护部门管理。由于水行政管理体系由中央政府一直延伸到地方各级人民政府，各级水行政主管部门具有相同或相近的职能是统一水行政管理行为的基础，国务院水行政主管部门的职能对地方水行政主管部门职能的确立具有指导意义。