对于水利工程征用的土地，按照被征用土地的原用途给予补偿。根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，大中型水利水电工程建设征用土地的补偿费标准和移民安置办法，由国务院另行规定。水利工程现阶段执行国务院于1991年2月15日公布施行的《大中型水利水电工程建设征地补偿和移民安置条例》。此条例规定：大型水利水电工程建设永久征用耕地的补偿费，为该耕地被征用前3年平均年产值的3～4倍；每一个需要安置的农业人口的安置补助费标准，为该耕地被征用前3年平均每亩产值的2～3倍。大型防洪、灌溉及排水工程建设征用的土地，其土地补偿费标准可低于上述土地补偿费标准，具体标准由水利部会同有关部门规定。征用其他土地的补偿费和安置补助费标准，由省、自治区、直辖市人民政府参照征用耕地的补偿费标准规定。依照以上规定支付土地补偿费和安置补助费，安置移民仍有困难的，可以酌情提高安置补助费；但是土地补偿费和安置补助费的总和不得超过土地被征用前3年平均年产值的下列倍数：库区（含坝区）人均占有耕地667m²（1亩）以上的，不得超过8倍；人均占有耕地333～667m²的，不得超过12倍；人均占有耕地333m²以下的，不得超过20倍。中型水利工程建设的土地补偿费标准，由省、自治区、直辖市人民政府参照大型水利水电工程有关规定的标准另行规定。被征用土地上的附着物和青苗的补偿标准，由省、自治区、直辖市规定。临时用地的补偿费用按用地情况由地方另行规定。

1999年1月1日由国务院公布施行的《中华人民共和国土地管理法实施条例》规定，土地补偿费归农村集体经济所有，地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有。征用土地的安置补助费必须专款专用，不得挪作他用。需要安置的人员由农村集体经济组织安置的，安置补助费支付给农村集体经济组织，由农村集体经济组织管理和使用；由其他单位安置的，安置补助费支付给安置单位；不需要统一安置的，安置补助费发放给被安置人员个人或者征得被安置人员同意后用于支付被安置人员的保险费用。市、县和乡（镇）人民政府应当加强对安置补助费使用情况的监督。

1999年1月1日公布施行了经第9届全国人大常委会第4次会议通过修订的《中华人民共和国土地管理法》，对征用土地的补偿标准进行了调整，《大中型水利水电工程建设征地补偿和移民安置条例》将据此修订。