按规定要求对库区建筑物拆除、林木砍伐后的残留物以及污染源进行清除和整理的工作。水库库底清理的目的，主要是保证工程安全运行，防止水体污染，为水库水域发展航运、供水、水产养殖、水上运动和旅游等综合利用事业创造良好条件。根据工程运行方式和综合利用要求，水库库底清理分为一般清理和特殊清理。一般清理的范围包括居民、城镇迁移线以下的淹没区和因蓄水而引起的浸没、坍岸、滑坡等地段。特殊清理的范围包括选定的供水工程取水口、航道、港口、码头、避风港、水产养殖场、捕捞场、游泳场、水上运动场等区域。

一般清理

总的要求包括：

（1）建筑物清理。库区内所有房屋、围墙、铁路、公路、输电、电信、广播、工矿企业、水利工程等一切地面建筑物及附属设施都必须拆除，其残留高度不应超过地面0.5m；设备和旧料要运出库外或就地掩埋。不能利用而又容易漂浮的废旧料应就地烧毁。对于确难清理的较大障碍物，要设置明显标志，并在地图上注明其位置与高程。矿井、水井、地窖、人防工程等，应根据水库的地质条件和其他要求，采取填塞、覆盖或其他处理措施。

（2）卫生清理。厕所、粪坑（堆）、畜圈（栏）、垃圾堆等地点的污物，要尽量运出库外；如难于运出，应就地铺平曝晒，进行消毒、烧毁。清除污物后留下的坑穴，也需消毒或用净土填平。遗留严重污染物质的工业企业、医院、兽医站等的原址，传染病尸体埋葬场和堆放有毒物资的场地，应按环境、卫生部门的有关规定进行处理。埋葬尸体在15年以内的坟墓，应迁出库外或就地火化遗体。有钉螺分布的库区周边浅水区，其水深不到1.5m的，需作专门处理。

（3）林地清理。淹没区范围内的森林及零星树木，均要砍伐外运，残留树木不超出地面0.3m，林木砍伐剩余的枝桠、枯木、灌木以及秸秆、泥炭等易漂浮物，就地烧毁或采取防漂措施。

特殊清理

对有特殊清理要求的，应由有关部门作出具体规定。例如，以城镇供水为主的水库，库底清理工作中应对保护水质提出更高的要求：设置库区卫生防护地带，在引水口上下游一定范围内不得排入工业废水和生活污水，防护范围内沿岸要拆迁有害化学物品的仓库、堆栈以及装卸垃圾、粪便和有毒物品的码头。凡位于水源卫生防护地带、港口、码头、捕捞场、游泳场等地段的地面建筑物及林木，均需拆除、砍伐、清理；建筑物残迹和林木采伐留下的树根，均不得超过地面0.3m。在采用拉网作业方式的捕鱼区，要彻底清除一切地面障碍物。对于抽水蓄能电站上下水库（池），应专门研究影响水质的库盘土壤、地质及覆盖物的现状、生物特征及气温条件，提出特定的库底清理的措施。

清理工作程序

进行水库库底清理工作，首先要编制清理规划，作为水利工程淹没处理规划设计的组成部分。规划内容包括：确定库底清理范围和清理对象；考虑有关兴利部门在库区的综合利用规划，分别规定不同对象的清理要求和技术标准；提高清理工程量和经费概算；拟定组织实施和检查验收的办法等。

水库库底清理工作涉及面很广，要同有关方面的工作密切配合。例如，水库卫生清理要同水资源保护相结合，水库漂浮物的清理要同防漂工程措施相结合，捕捞场的清理要同采用的捕鱼工具和捕鱼方法相结合等，才能收到较好的效果。清库工作应由地方政府领导的移民清库专职机构主持，按照统一规划，由有关地方和部门分工负责。清库的期限要与施工进度和蓄水时间相适应，过早或过迟都达不到预期的目的。整个清理工作最迟要在蓄水前3～6个月完成。清库工作完成后，应由工程主管部门会同地方政府组织验收。验收程序一般为：由省、自治区、直辖市移民机构组织县（市）清库机构进行自检，由业主会同省级主管移民机构对自检结果组织初检，最后由建设项目的主管部门会同省级人民政府成立工程项目建设验收委员会，对初检报告组织终验。验收合格，并经过批准手续，方能下闸蓄水。