国家为实现对水环境保护目标而制定的经济准则。水环境是自然环境的主要组成部分，水环境保护是环境保护的主要内容。水环境保护经济政策是根据环境保护这一基本国策和经济建设、城乡建设、环境建设同步规划、同步实施、同步发展，实现经济效益、环境效益相统一的指导方针，以及预防为主、防治结合，“谁污染、谁治理”，强化环境管理这三大环境保护政策制定的。

根据中国环境保护发展战略规划（2000～2050年）：①到2000年，基本建立比较完善的环境管理体系和与社会主义市场经济体制相适应的环境法规体系，力争使环境污染和生态破坏加剧的趋势得到基本控制，部分城市和地区的环境质量有所改善，建成若干经济快速发展、环境清洁优美、生态良性循环的示范城市和示范地区；②到2010年，可持续发展战略得到较好贯彻，环境管理法规体系进一步完善，基本改变环境污染和生态恶化的状况，环境质量有比较明显的改善，建成一批经济快速发展、环境清洁优美、生态良性循环的城市和地区；③到2020年，生态环境恶化的状况得到转变，城乡环境质量更加改善；④到2030年，环境质量进入全面改善阶段，生态趋于良性循环，实现环境与经济协调发展；⑤到21世纪中叶，实现城乡环境优美，生态良性循环。

水环境保护制度有：①环境影响评价制度。《中华人民共和国水污染防治法》规定：新建、扩建、改建直接或间接向水体排放污染物的建设项目的环境影响报告书，必须对建设项目可能产生的水污染和对环境的影响作出评价，规定防治的措施，按照规定的程序报经有关环境保护部门审查批准。②“三同时”制度。新建、扩建、改建的建设项目，其防治水体污染的设施，要与主体工程同时设计、同时施工、同时投产。建设项目投入生产或者使用的时候，其水污染防治措施必须经过有关主管部门的检验，凡达不到规定要求的，都不准投入生产或使用。③排污许可证制度。工厂企业向水体排放废污水，必须向有关主管机关申报生产产品和工艺排放废污水的设施、排放污染物质的浓度及其总量，经过批准后才能排放。④限期治理制度。有关地方政府可以对造成水体严重污染和排污单位提出限期治理的要求。逾期达不到要求的可限制、停止企业排放废水。⑤排污收费制度。按照企业向水体排放污水的数量、浓度，对排污单位征收排污费，要求污染者承担对社会损害的责任，促进其治理污染。中国实行两种排污费（排污收费和超标收费）都征收的制度。⑥水源保护区制度。根据水体特性及其使用情况，对不同功能的河段提出不同的水质标准。⑦水质监测和现场检查制度。主管机关定期对水体水质进行监测评价，有权对管辖范围内的排污单位进行现场检查。被检查单位必须如实反映情况，提供必要资料。⑧紧急事故强制处理制度。在生活饮用水源受到严重污染，威胁供水安全等紧急情况下，有关地方政府可采取强制性应急措施，包括责令有关企业事业单位减少或停止排放污染物。⑨维护水体自净能力制度。在调节调度水资源时，要统筹兼顾，尽可能保证河流、湖泊合理的最小流量（最低水位）以维护水体的自净能力和生态平衡。

中国的水环境保护工作始于20世纪70年代中期，已颁布的相关法律有《中华人民共和国环境保护法》、《中华人民共和国水污染防治法》、《中华人民共和国海洋环境保护法》。1988年国务院明确由水利部归口管理全国水资源，并设立全国水资源及水土保持工作领导小组，在长江、黄河、淮河、海河、珠江、松花江及辽河等大河水系分别设立了水资源保护局（办公室），实行水利部与国家环境保护总局的双重领导体制，以统一协调各大流域内的水资源保护事宜。