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1月8日，国家审计署审计组进驻国务院南水北调办，对办机关及直属事业单位2003—2006年预算执行情况和中线建管局财政资金拨款及本级建设管理费预算执行情况进行审计。
3月2日，国务院南水北调办在北京召开南水北调工程审计动员会议。南水北调系统各单位负责人参加。
3月14日，国务院副总理曾培炎、回良玉，国务院秘书长华建敏听取南水北调工程总体可研阶段比规划阶段增加投资筹资方案的汇报。
3月15日，国务院副秘书长张平主持召开关于建立重大水利工程建设基金及南水北调工程筹资意见征求有关地方政府意见的会议。国务院相关部门、相关省（直辖市）人民政府负责人参加。
3月20日，国务院南水北调办副主任李铁军赴国务院三峡工程建设委员会办公室调研移民资金价差处理问题。
4月11日，国务院南水北调办决定2007年在南水北调系统开展“资金管理年”活动，并印发《关于开展南水北调系统资金管理年活动的通知》。
7月4日，国务院南水北调办在北京召开南水北调工程审计情况通报会。南水北调系统各单位负责人参加。
7月20日，国务院南水北调办主任张基尧主持召开主任专题办公会，审议并通过《国务院南水北调办预算管理办法》。国务院南水北调办副主任孟学农、李铁军、宁远出席，机关各司和各直属单位主要负责人参加。
11月9—11日，国务院南水北调办经济与财务司在济南举办南水北调会计基础工作业务培训班。南水北调系统各单位110名财会人员参加了培训。
11月23—25日，国务院南水北调办经济与财务司在武汉举办南水北调会计基础工作业务培训班。南水北调系统各单位120名财会人员参加了培训。
12月15—16日，国家发展改革委价格司在北京召开南水北调工程水价测算课题验收会。国务院南水北调办经济与财务司负责人参加。
12月27—28日，国务院南水北调办在北京召开南水北调工程审计整改工作座谈会。南水北调系统各单位负责人参加。
