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1月4日，经国务院批准，财政部、国家发展改革委、国务院南水北调办联合印发了《关于分年度下达南水北调工程基金上缴额度的通知》（财综〔2006〕1号）。
1月25日，天津市人民政府办公厅印发《天津市南水北调工程基金筹集和使用管理实施办法》（津政办发〔2006〕4号）。
2月6日，江苏省人民政府印发《江苏省南水北调工程基金筹集和使用管理实施办法》（苏政办发〔2006〕6号）。
2月9日，国务院南水北调办副主任李铁军主持召开主任专题办公会，研究调整南水北调东线工程治污项目基金管理方式问题。经济与财务司、环境与移民司负责人参加。
3月4—6日和3月19—22日，国务院南水北调办经济与财务司在北京举办两期南水北调会计基础工作业务培训班。南水北调系统各单位80多名财会人员参加了培训。
3月21日，财政部、国家发展改革委、国务院南水北调办联合印发了《关于调整南水北调工程基金上缴额度有关问题的通知》（财综函〔2006〕6号）。
5月18—21日，国务院南水北调办经济与财务司在郑州举办了南水北调工程征地移民资金管理和会计核算业务培训班。南水北调系统征地移民机构财会人员参加了培训。
6月19—22日，国务院南水北调办在北京举办南水北调工程建设合同管理业务培训班。南水北调系统各单位合同管理人员参加培训。
6月29日，国务院南水北调办在北京召开2006年南水北调系统内部审计工作会议，研究布置2006年内部审计工作。南水北调系统各单位和参加2006年内部审计的中介机构负责人参加。会后，各中介机构先后进驻南水北调系统各单位进行审计。
10月11日，财政部国库司负责人调研南水北调工程国库集中支付问题，察看了正在建设中的西四环暗涵工程。国务院南水北调办经济与财务司负责人参加。
10月21—22日，国家发展改革委价格司在北京召开南水北调工程水价形成机制研究专家咨询会议。国务院南水北调办经济与财务司负责人参加。
